Salud

Investigadores españoles usan la inteligencia artificial para identificar nuevos genes vinculados al cáncer

Madrid
SERVIMEDIA

Investigadores del Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC) liderados por la profesora Nataša Pržulj han creado un nuevo método computacional basado en inteligencia artificial que “acelera” el proceso de identificación de nuevos genes relacionados con el cáncer cuyos resultados, probados biológicamente, han sido publicados en 'Nature Communications'.

Pržulj ha utilizado técnicas de aprendizaje automático para relacionar grandes cantidades de datos ómicos y los ha recreado en un prototipo computacional, en concreto una célula integrada o iCell.

Según informó este martes el Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC), el método fusiona tres redes de interacción molecular específicas de tejido: interacción proteína-proteína, coexpresión de genes y redes de interacción genética mediante la técnica de la tri-factorización de matrices no negativa, una técnica de aprendizaje automático que se ha utilizado recientemente para la integración de datos.

Los autores del artículo han aplicado este método para reconstruir células de cáncer de mama, próstata, pulmón y colon y en todos ellos ha demostrado ser “útil” para localizar nuevos genes relacionados con estas enfermedades.

Así, el método computacional, que recrea las interacciones biológicas que tienen lugar en nuestras células, ha señalado 63 genes y, posteriormente, un proceso de validación biológica mediante experimentos de desactivación de genes seguidos de pruebas de viabilidad celular y análisis de datos de supervivencia de miles de pacientes, ha confirmado que al menos 36 de ellos “contribuyen al crecimiento irregular de las células”.

La experimentación reveló, por ejemplo, que los pacientes con cáncer de mama con “alta expresión” de MRPL3, una proteína ribosomal mitocondrial que hasta ahora no estaba relacionada con el cáncer, tienen una menor supervivencia.

A juicio de los investigadores, este es un “ejemplo de cómo se puede usar el nuevo método para descubrir nuevos genes biomarcadores, que pueden ser relevantes en la estratificación y predicción de la supervivencia en pacientes con cáncer”.

Las posibles aplicaciones de este método van desde el tratamiento de otras enfermedades hasta el envejecimiento, con el objetivo final de descubrir los principios intrínsecos de la organización interna de la vida en la Tierra.

“Este descubrimiento pone de manifiesto la importancia de los enfoques integrativos para analizar datos biológicos y allana el camino hacia análisis integrativos comparativos de todas las células”, puntualizó Pržulj.

Por su parte, Alfonso Valencia, profesor Icrea y director del Departamento de Ciencias de la Vida del BSC, afirmó que las iCells de Pržulj “complementan a la perfección” las propuestas de análisis del genoma del cáncer en el BSC y defendió que son “solo el primero de los muchos métodos computacionales sólidos” que espera que su nuevo grupo desarrolle en los próximos años.

(SERVIMEDIA)
19 Feb 2019
MJR/caa