Según la agencia, este nuevo marco normativo ha exigido "una renovación integral de los programas de evaluación de sexenios de investigación del profesorado universitario y del personal investigador y de acreditación para el acceso a los cuerpos docentes universitarios". El nuevo contexto ha exigido también "una mayor coordinación" con las agencias de calidad autonómicas, con las que ha impulsado los primeros acuerdos de reconocimiento mutuo.

Pilar Paneque, catedrática de Geografía Humana de la Universidad Pablo de Olavide, de Sevilla, fue nombrada directora de Aneca el 28 de febrero de 2023 por un periodo de tres años. Es la primera de los nueve titulares que ha tenido la Dirección de la Agencia en ser prorrogada en el cargo, en los 25 años de historia de la Aneca.

El volumen de actividad alcanzado comprende 49.000 acreditaciones de profesorado funcionario y laboral, 45.000 sexenios de investigación, 25.000 homologaciones y equivalencias de títulos extranjeros y 2.800 evaluaciones de grados, másteres y doctorados, las cifras más altas tramitadas en un solo periodo de dirección de la Agencia.