Una vez que Batasuna ha tomado el relevo de la formación erri Batasuna, los críticos de "Aralar" deberán optar por seguir o no formando parte de una formación cuyos postulados siguen sin desmarcarse de la violencia de ETA.

"Aralar" comenzó a constituirse formalmente tras la vuelta de ETA a la violencia en enero de 1999. Dirigentes y cargos electos de EH, principalmente de Navarra, expresaron entonces su discrepancia con la utilidad política de la violencia, entre ellos, el portavoz en el Ayuntamiento de Pamplona, Patxi Zabaleta; el diputado foral, Pablo Muñz, así como Iñaki Aldekoa, entre otros.

Estos dirigentes presentaron en el proceso Batasuna una ponencia que sólo contó con el respaldo cercano al 8% de la militancia.

Los críticos manifestaron tambien su oposición con la decisión de la Mesa Nacional de HB de abstenerse en las eleccciones generales, así como con la retirada de su presencia en el Parlamento vasco.

"Aralar" acabó finalmente enfrentándose a la mayoría de la coalición "abertzale", antes de las elecciones vascas del 13-M, cuando xigieron el compromiso del trabajo en la Cámara vasca, así como el posible apoyo a Ibarretxe en caso de que Jaime Mayor Oreja tuviera posibilidades de ser "lehendakari". Entonces, "Aralar" llegó a amenazar con presentarse en solitario a los comicios.