Según el convenio, la relación comercial entre Renfe y el Ministerio de Defensa se basa en la libre competencia y no tiene carácter de exclusividad a favor de Renfe. Se establecen unas tarifas para mercancías y pasajeros, con sus correspondientes bonificaciones y penalizaciones, así como unas reducciones en el caso de uso de los medios ferroviarios por el personl militar para sus desplazamientos no oficiales.

El cumplimiento de lo acordado en el convenio lo supervisará una Comisión Mixta de Seguridad Renfe-Ministerio de Defensa, que presidirán el director general de Operaciones de la empresa ferroviaria y el director de Transportes del Mando de Apoyo Logístico del Ejército.