Durante la modificación de las calificiones de la Fiscalía en el juicio que la Audiencia Nacional está celebrando contra las organizaciones Gestoras Pro Amnistía y Askatasuna, Bautista elevó también a 13 años de cárcel las penas solicitadas para los dirigentes nacionales del aparato de apoyo a los presos etarras Julen Zelaraían y Aitor Ángel Jugo.

Por otro lado, el representante del Ministerio Fiscal decidió retirar la acusación contra los miembros de Gestoras Pro Amnistía Mitxel Sarasqueta, Jorge Luis Redondo y Maitane Méndez, al llegar al considerar que no hay indicios suficientes para mantener los cargos contra ellos.