La Fundación Sur, que de momento sólo tiene un Departamento de Africa pero que está abierta a trabajar en otros continentes, tiene como objetivo la promoción de programas y proyectos de intercambio y cooperación con otros centros y organismos, como ONG y universidades, para mejorar el conocimieto de los pueblos africanos, latinoamericanos y asiáticos.

Asimismo, tratará de desarrollar actividades de investigación, documentación e información y de editar materiales y recursos adecuados para difundir los fines de la entidad.