El instituto se crea en virtud del acuerdo marco de colaboración entre los ministerios de Educación, Cultura y Deporte y de Defensa, que es el titular de dichas instalaciones.

Según el Gobierno, los continuos traslados del personal militar y sus famlias hacen necesario que sus hijos cuenten con una red de puestos escolares suficientes para continuar con su trayectoria educativa. Este instituto se crea, además, para dar continuidad a los alumnos que han estudiado educación primaria en el colegio público existente en la misma Base Naval.

Aunque las competencias en materia de enseñanza no universitaria están transferidas a las Comunidades Autónomas, no lo están todavía los Centros de Defensa ubicados en Andalucía, por lo que la creación de este Insituto corresponde al Ministerio de Educación, Cultura y Deporte.

En el convenio, el Ministerio de Educación asume el coste que corresponde a la provisión del personal docente necesario para el funcionamiento del centro, mientras que al de Defensa le corresponde sufragar los gastos correspondientes a material didáctico, mobiliario, gastos de conservación, mantenimiento, funcionamiento y proveer el personal administrativo y subalterno.