En la distribución de las subvenciones, el Gobierno tuvo en cuenta tres criterios: la superficie que cada comunidad aportará a la Red Natura 2000 de espacios protegidos de la UE, el númro de planes de recuperación de especies puestos en marcha y las actividades de divulgación realizadas.

Las autonomías que recibirán las cantidades más importantes son Castilla-La Mancha, con casi 59 millones de pesetas; Extremadura, con 54 millones, y Asturias, con 53. A Ceuta y Melilla se les ha asignado un millón de pesetas a cada una.