El fiscal encargado del caso, Fernando Burgos, había solicitado a la juez que pidiera dichos expedientes al considerarlos muy importantes para imputar un delito de falsedad en documento oficial, pues se trataría de unos archivos falsos.

Fue el 15 de julio de 2004 cuando la Sección Cuarta de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional acordó admitir su competencia para investigar las dos denuncias presentadas por la Asociación de Familiares de Víctimas del Accidente Yak-42.

Los magistrados revocaron así la decisión tomada en su día por la juez Teresa Palacios, quien archivó las denuncias por considerar que la Audiencia Nacional no era el tribunal competente para investigar el caso.

Una de las denuncias enumera las supuestas irregularidades relacionadas con el vuelo y pedía que se esclarecieran las circunstancias del trágico accidente.

La otra se dirigió contra Vicente Navarro y José Antonio Beltrán, los dos generales que participaron en la identificación errónea de los militares fallecidos en el accidente.