Al parecer, la caus de la muerte de los peces, en su mayoría albures, fue la aparición de amoniaco en el Caño Guadiamar, producida por la evaporación del agua a causa de la prolongada sequía y las altas temperaturas.

Según las mismas fuentes, a las concentraciones de amonio se sumó el incremento de los valores del PH del agua.

Los análisis practicados por varios técnicos de la Agencia de Medio Ambiente, en colaboración con los de la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir y los del Ministerio de Obras Públicas,Transportes y Medio Ambiente, detectaron la existencia de este amoniaco producido por causas naturales, descartando inicialmente la presencia de vertidos tóxicos en la zona.

La muerte de esos cerca de 11.000 peces se produjo en las proximidades del Parque Nacional, en el límite entre las provincias de Huelva y Sevilla. Hasta la fecha se desconoce que la presencia de amoniaco en el Guadiamar haya afectado a otros animales.