La nueva norma obliga a los Estados miembros a ajustar la "utilización confinada" de microorganismos modificados genéticamente a prácticas internacionales basadas en una evaluación de riesgos.

Por "utilización coninada", la UE entiende cualquier actividad en la que se modifique la naturaleza de los microorganismos, ya sea el cultivo, almacenamiento, transporte o destrucción.

La directiva incluye una escala de peligrosidad para clasificar las actividades en función del peligro que presenten para la salud y el medio ambiente. La escala estipula los siguientes riesgos: nulo, bajo, moderado y alto. La norma especifica que cuando no se sepa con certeza qué tipo de control establecer, se aplicará el mayor. La directva también incluye aspectos relacionados con los usuarios de estos productos y los accidentes.