El reglamento de control creado por el Cosejo en 1992 ha permitido reducir la incertidumbre respecto al gasto agrícola. Sin embargo, la nueva política agrícola común ha impulsado la necesidad de que los Estados creen nuevos instrumentos de gestión de las ayudas. La simplificación del sistema, gracias a un método informatizado más preciso que el anterior, pasará a depender de los países miembros.

Aunque, según el nuevo reglamento, este sistema estará bajo el control de la Comisión Europea, cada país miembro aplicará las ayudas a los herbáceos arroz y leguminosas en grano, así como respecto a los regímenes de prima y pago para productores de carne de vacuno, ovino y caprino. Los pagos directos al sector de la leche también se incluyen en el paquete de medidas.

Las nuevas competencias nacionales incluyen los esfuerzos para compatibilizar los sistemas comunitarios y de cada país, con vistas a un intercambio de información que agilice las acciones conjuntas. Estas disposiciones obligan a informar periódicamente a la Comisión sobre el desarrolo de las acciones.