La actual Facultad de Veterinaria es heredera de instituciones muy antiguas que tuvieron su origen en la actividad veterinaria medieval. Una de ellas era el Real Tribunal del Protoalbeiterato del siglo XV, que dio paso a la primera escuela de veterinaria creada en España en el año 1793, el Real Colegio Escuela de Veterinaria de Madrid, situado en el convento de los Agustinos Descalzos Recoletos (hoy Biblioteca Nacional).

En 1877, este se trasladó a un edificio cercano a la Ronda de Toledo, en el denominado Casino de la Reina. En 1882 la facultad se trasladó a la Escuela de Veterinaria de la Glorieta de Embajadores, y en 1958 se abrió la actual sede, en su emplazamiento de la Avenida Puerta de Hierro en el curso 1968-69.

Los estudios de Veterinaria adquirieron el rango de licenciatura en 1943, y en 1944 se posibilitó la colación del título de doctor. Sus instalaciones se fueron ampliando con nuevos aularios, la Granja Docente, la Planta Piloto de Tecnología de Alimentos y, en especial, el Hospital Clínico Veterinario Complutense, abierto en 1996.