La causa se abrió como consecuencia de la querella presentada contra el juez sentenciador por el Ayuntamiento de Barcelona y los familiares Puig Antich, que la dirigieron contra un juez del Consejo de Guerra que lo condenó tan sólo un año antes de la muerte del dictador.

El auto explica que el delito de lesa humanidad no prescribe, pero no puede aplicarse en España a ningún hecho ocurridos antes de 1977, fecha en la que el país se adhirió al Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos. Además, la ley de Amnistía aprobada ese año era un cortafuegos que impedía investigar hechos que pudieran ser violaciones de derechos humanos ocurridas con anterioridad a su entrada en vigor.

La sección décima de la Audiencia de Barcelona esgrime que, aunque la Ley de Amnistía "hoy no cumpliría los parámetros" que se exigen para garantizar los derechos de todos, fue aprobada por un Parlamento democrático y "ha sido reafirmada en dos ocasiones por el Congreso de los Diputados, la última apenas hace dos años".

Tanto el Ayuntamiento de Barcelona como la familia defendían en su querella que los crímenes contra la humanidad son derecho internacional consuetudinario desde la Asamblea General de Naciones Unidas de diciembre de 1946. Y exponían que su detención sólo se puede entender como "un ataque generalizado sistemático contra la población civil o parte de ella y que se enmarca en la represión institucionalizada de cualquier tipo de disidencia política"

El juez militar contra el que se dirigía la querella es Carlos Rey González, que actuó como ponente, y firmó en última instancia la pena de muerte contra el anarquista Puig Antich, era el único jurista del Consejo de Guerra.

Salvador Puig Antich era militante del Movimiento Ibérico de Liberación (MIL). En septiembre de 1973, agentes de la Brigada de Investigación Social de Barcelona, tendieron una emboscada a un grupo de activistas antifranquistas a la que Antich iba a acudir. Hubo una refriega a tiros en la que el militante anarquista resultó herido de gravedad y hubo un policía muerto.