El documento señala que la Fiscalía de Huelva califica de "histórica" la precariedad de medios informáticos que sufre, mientras que la de Cáceres reconoce la "imposibilidad de compartir archivos" entre dos ciudades. Asimismo, se registran "disfunciones entre el registro informático realizado por los Juzgados de Instrucción y el registro de Fiscalía, habida cuenta de la diferencia entre sus sistemas informáticos".

Las secciones que padecen estas disfuciones son las de las Fiscalías de Cuenca, Burgos, Almería, Valencia, Murcia y Málaga, entre otras. Para suplir estas disfunciones, la Fiscalía de Lugo remite los atestados ambientales por la Guardia Civil.

En algunos casos, la situación del sistema de gestión procesal 'Fortuny' sigue siendo objeto de críticas, como es el caso de Valencia y Pontevedra. Por otra parte, la memoria de la Fiscalía de Pontevedra, así como la de Tenerife, reclama una mayor colaboración con los guardas forestales.

La Fiscalía de Huelva, por ejemplo, relata el desmantelamiento de una red de agentes de medio ambiente corruptos que venían recibiendo sobornos de los propietarios de varias fincas en el área de Doñana, para no denunciar los cambios de uso y delitos en materia de ordenación del territorio cometidos en las mismas.

El trabajo realizado por el Seprona de la Guardia Civil es elogiado por todas las fiscalías y también resaltan que cada vez es mayor el grado de colaboración con el resto de Cuerpos y Fuerzas de Seguridad del Estado.

En relación con la tramitación de procedimientos, la memoria informa de que en el año 2012 se tramitaron un total de 355 asuntos, frente a los 303 procedimientos del año 2011, lo cual supone un aumento de 52 nuevos asuntos tramitados.

A su vez, de la cifra mencionada cabe destacar que 81 asuntos recibieron la forma procesal de Diligencias Informativas y 274 de Expedientes Gubernativos.

Desde que se creó esta Fiscalía en el año 2006 casi se han triplicado el total de asuntos tramitados. Tanto los Diligencias como los Expedientes tienen con frecuencia su origen en denuncias directamente presentadas en Fiscalía.

Entre los casos relevantes de la Fiscalía destaca el de la cacería de un oso pardo cantábrico en la provincia de Palencia, la extracción ilegal de agua de un acuífero en las Tablas de Daimiel y el robo de agua en Doñana por agricultores de la fresa.