Los magistrados consideran probado que Múgica y Abaunza formaron parte del "comando Madrid" de ETA a partir del año 1997, y que, como integrantes del mismo, utilizaron para sus operaciones un piso situado en la barrio de la Concepción de la capital.

El día 12 abril de 1997, se produjo una súbita explosión en el piso alquilado por los etarras, que se vieron forzados a huir. Durante su registro, los agentes encontraron tres subfusiles, dos fusiles de asalto, una escopeta, un revólver, cordones detonantes, seis ollas, 81 kilogramos de explosivo amonal y nueve granadas.

Los agentes de la Policía Científica encontraron en el citado apartamento numerosos huellas y material biológico tanto de Múgica como de Abaunza que ha servido de base al probatoria al tribunal para su condena.