La entidad otorga recursos para iniciativas que tengan una duración de hasta cinco años con un sistema que empieza financiando los primeros dos años, evalúa los avances en ese punto y determina si la segunda parte del programa es susceptible de percibir más ayudas.

El Fondo Mundial ha entregado, hasta el momento, un total de 3.100 millones de dólares para la fase inicial de programas en 127 países.