En cuanto al funcionamiento de las fundaciones, el reglamento establece criterios para que los patronatos gestionen las fundaciones con facilidad y con rigor, "asegurando la necesaria conexión con la Administración, que sólo en supuestos excepcionales y tasados intervendrá en defensa de los derechos fundacionales".

Respecto al régimen de modificación estatutaria, fusión y extinción de las fundaciones, el rglamento ha establecido los procedimientos más rigurosos para que todo el ciclo de vida de la fundación se desenvuelva con seguridad y con libertad para los patronos.

Según el Ejecutivo, la figura del Protectorado que le corresponde a la Administración no será una instancia intervencionista y sofocante que coharte la libertad de las fundaciones, sino un instrumento de apoyo que, sin perjuicio de velar por el cumplimiento de la legalidad y los fines de las mismas, colabore con ellas y les ayude en el dsarrollo de su actividad.

El reglamento ha configurado el Consejo Superior de Fundaciones, una de las grandes novedades que introdujo la ley, como un gran foro de encuentro y de debate entre las fundaciones, las comunidades autónomas y la Administración General del Estado.

Para el Gobierno, este es el modo de asegurar que el Consejo Superior de Fundaciones sea un organismo vivo y dinámico que facilite el diálogo entre las fundaciones y las distintas administraciones.

El objetivo del reglameno, según el Ejecutivo, es crear un "libro de instrucciones" para la actuación cotidiana de toda fundación, con independencia del campo en el que desarrolle sus actividades.