Etxeberría Arbelaiz está implicado en el sumario abierto por la financiación de la organización terrorista ETA, que instruye el juez Garzón, quien decidió encarcelarle el 28 de mayo de 1998. Posteriormente, Etxeberría fue elegido parlamentario vasco por Euskal Herritarrok, al igual que "Josu Ternera".

El juez asegura que otorgó a Etxeberría Arbelaiz un permiso para asistir a su toma de posesión como parlamentario vasco porque, en ese caso, era impescindible su participación, pero le recuerda que ahora su condición de preso impide que tenga libertad de movimientos y, por tanto, su asistencia al acto de constitución de una comisión parlamentaria.

Exteberría Arbelaiz está implicado en la supuesta financiación de ETA a través de un complejo entramado de empresas. Fue elegido parlamentario vasco y, por ello, al ser aforado, no fue procesado junto con otras 26 personas por delitos de pertenencia a banda terrorista, allegamiento de fondos a la organiación y alzamiento de bienes.

Garzón elevó este caso al Tribunal Supremo, por entender que -dado que había dos aforados entre los imputados- era éste el órgano competente para juzgar el sumario, pero la Sala Segunda del Alto Tribunal todavía no se ha pronunciado.