A juicio de Juan López de Uralde, director de campañas de Greenpeace, "el mensaje que Ruíz Gallardón está enviando a la opinión pública es muy claro:'le molesta el medio ambiente y los que lo difienden'".

Greenpeace considera que la disolución de la Agencia contradice el programa electoral del Partido Popular, que denfendió la necesidad de un Ministerio de Medio Ambiente.

Asimismo, recuerda que, a pesar de las protestas Ruíz Gallardón expulsó a los ecologistas de la Comisió de Urbanismo de la Comunidad de Madrid. La liquidación de la Agencia de Medio Ambiente es una continuación de una política dirigida a elimianr cualquier obstáculo ecologista.

Por otra parte, Greenpeace cree que la polémica sobre la incineradora de Valdemingómez no es ajena a la decisión de eliminar la Agencia de Medio Ambiente, ya que dicho organismo no se mostró favorable a la incineradora de residuos promovida por el Ayuntamiento de Madrid.