Según alegó el PNV, en el proyecto “no se hace mención alguna a cómo quedaría configurada la estructura de la Salud Pública en el ámbito estatal” ni se establece “cuáles serían los sistemas de coordinación y comunicación del órgano planteado con otras administraciones con competencias en salud pública”, en clara alusión a las comunidades autónomas.

El partido vasco expone que esta ley “podría entrar en conflicto” con las competencias y las normativas autonómicas, como la recientemente aprobada Ley de Salud Pública de Euskadi que el Parlamento Vasco aprobó el pasado mes de noviembre. Sin embargo, los jeltzales afirman que "tienden la mano al Gobierno español para tratar de alcanzar un acuerdo antes de que se suscite el debate de totalidad en el Congreso.