La fundación se encarga del transporte de las pilas desde los contenedores hasta las plantas de clasificación y tratamiento, donde se separan los productos químicos contaminantes del resto.

Ecopilas trabaja actualmente en la creación de un sistema integrado de gestión en el que pueda participar cualquier productor, importador o cualquier persona responsable de la puesta en el mercado de pilas y baterias domésticas.