Las obras afectarán a la torre, la fachada exterior, el pórtico, el presbiterio y varias áreas del interior de la catedral. Sucesivos descubrimientos han provocado que determinados aspectos de la rehabiltación tengan que acomodar su ritmo a aspectos técnicos no previstos en principio.

Los trabajos arqueológicos han aportado nueva información no registrada en los documentos escritos, sobre la historia de la iglesia onservada hasta la actualidad y de otras dos anteriores identificadas por sus cimientos.

La reinauguración del templo coincidirá con el 700 aniversario de la fundación de la villa, muy vinculada desde sus orígenes a la tradición del Camino de Santiago. Desde diciembre de 1643, Santiago es el patrón de Bilbao, y su catedral es, junto con la de la ciudad gallega, la única dedicada al apóstol.

La catedral de Bilbao es el edificio gótico más completo de Vizcaya y el único monumento que sobrevive desd la fundación de la ciudad.