El objetivo priordial del CIAC es propiciar la prevención primaria de los defectos congénitos, para lo que el centro desarrollará tres líneas de actuación en las áreas de investigación, de asistencia y de docencia y difusión de los conocimientos.

Además, el CIAC continúa el programa iniciado en 1976 por el Estudio Colaborativo Español de Malformaciones Congénitas y ofrece dos servicios de información telefónica sobre factores de riesgo para la gestación.

Estos dos servicios son el Servicio de Información Telefóica sobre Teratógenos Español (SITTE), orientado a profesionales de la salud, y el Servicio de Información Telefónica para la Embarazada (SITE), dirigido a la población general.