En concreto, si una empresa sujeta a este impuesto adquiere una participación de al menos un 5 % en una sociedad que no tenga su domicilio fiscal en España y dicha participación se posee de manera ininterrumpida durante al menos un año, el fondo de comercio resultante de esta adquisición puede deducirse, en forma de amortización, de la base imponible del impuesto sobre sociedades que deba pagar esa empresa.

Mediante preguntas escritas planteadas en 2005 y 2006, varios parlamentarios europeos preguntaron a la Comisión si dicha medida fiscal debía calificarse de ayuda estatal. La Comisión respondió en síntesis que, conforme a la información de que disponía, esa medida no constituía una ayuda estatal. Sin embargo, a raíz de la denuncia de una empresa privada, la Comisión abrió un procedimiento de investigación formal en octubre de 2007.

El procedimiento relativo a las adquisiciones de participaciones realizadas dentro de la Unión Europea concluyó con la adopción de una Decisión de 28 de octubre de 2009, y el procedimiento relativo a las adquisiciones de participaciones realizadas fuera de la Unión concluyó con la adopción de una decisión de 12 de enero de 2011. Ambas decisiones declararon que la medida controvertida era incompatible con el mercado interior y ordenaron a España que recuperara las ayudas otorgadas.

Varias empresas establecidas en España, entre ellas Auto grill España (actualmente World Duty Free Group), Banco Santander y Santusa Holding, solicitaron al Tribunal General de la Unión Europea que anulara estas Decisiones de la Comisión. En sendas sentencias de 7 de noviembre de 2014, el Tribunal General anuló las dos Decisiones de la Comisión por considerar que esta última no había demostrado el carácter selectivo de la medida controvertida. El Tribunal de Justicia anuló estas dos sentencias en 2016, obligando así al Tribunal General a pronunciarse de nuevo sobre si la medida fiscal controvertida es o no selectiva, dado que la selectividad es uno de los requisitos acumulativos necesarios para calificar una medida nacional de ayuda de Estado.

El Tribunal General ha concluido finalmente que la medida es selectiva, a pesar de que todas las empresas sujetas al impuesto sobre sociedades en España puedan acceder a la ventaja que establece dicha medida. Sobre este punto, el Tribunal General pone de relieve, entre otras cosas que, cuando las empresas sujetas al impuesto sobre sociedades en España adquieren participaciones en sociedades fiscalmente domiciliadas en España, no pueden obtener en virtud de esas operaciones la ventaja prevista en el mecanismo de deducción de que se trata, a diferencia de lo que ocurre con las empresas que adquieren participaciones en el extranjero.

Para llegar a la conclusión de que la medida fiscal controvertida es selectiva, el Tribunal General considera, al igual que la Comisión, que dicha medida establece unas diferencias de trato entre las empresas que no están justificadas por la naturaleza y la estructura del régimen de tratamiento fiscal del fondo de comercio aplicado en España.