El Pleno del Congreso debatió la toma en consideración de una proposición de ley avalada por PSOE, PP, CiU y PNV para modificar la norma que regula esa Comisión Mixta, y que deberá pasar después por el Senado. La iniciativa, que llegaba ampliamente consensuada, salió adelante con 333 votos a favor, 1 en contra y 5 abstenciones.

El 18 de diciembre de 2007 la Comisión aprobó por unanimidad un informe con el que concluyeron más de dos años de actividad del gupo de trabajo creado para estudiar la aplicación por las Cortes Generales del Tratado por el que se establecía una Constitución para Europa.

Tras la aprobación del Tratado de Lisboa, los trabajos se adaptaron a ese nuevo acuerdo, y ese nuevo informe se aprobó en marzo y es el contenido de la proposición debatida por el Pleno.

La proposición amplía la relación de competencias de la Comisión Mixta para incorporar las que el Tratado confiere a los parlamentos nacionales, entre ellas el control del principio de subsidiariedad, el llamado "sistema de alerta temprana" y que supone dar a los parlamentos la potestad de emitir dictámenes motivados sobre la aplicación de ese principio, en el plazo de ocho semanas desde que se remiten a las instituciones legislativas de la UE.

Los efectos jurídicos de esos dictámenes dependen del número de parlamentos nacionales que los emitan, y van desde el nuevo examen del texto por la Comisión, hasta la posibilidad de que el Parlameno o el Consejo, por mayorías reforzadas, puedan vetarlo.

La proposición atribuye a la Comisión Mixta la potestad de emitir, en nombre de las Cortes Generales, esos dictámenes motivados sobre la vulneración del principio de subsidiariedad, sin perjuicio de que los plenos puedan avocar el debate y la votación.

Además, la proposición establece que los parlamentos nacionales pueden consultar a los regionales que posean competencias legislativas, por lo que se les remitirán todas las iniciativas legislativas tan pronto se reciban, sin prejuzgar la existencia de competencias autonómicas afectadas, y tendrán un plazo de cuatro semanas para que su dictamen pueda ser tenido en cuenta por la Comisión Mixta.

También se aptribuye a la Comisión la potestad de solicitar al Gobierno la interposición ante el Tribunal de Justicia de un recurso de anulación contra un acto legislativo europeo por infracción del principio de subsidiariedad, potestad que deberá ejercer en un plazo máximo de seis semanas desde la publicación del acto, aunque el Gobierno podrá descartar de forma motivada esa posibilidad.

La proposición encomienda con carácter general a la Comisión Mixta para la Unión Europea las funciones que el Tratado de Lisboa atribuye a los parlamentos nacionales en relación a la evaluación de las actividades de Eurojust y a la supervisión política de Europol, si bien deja abierta la posibilidad de que también puedan intervenir en estas materias las comisiones legislativas competentes de cada Cámara.