Según informó el Ministerio de Defensa, este Comisariado se ocupa de la interlocución entre la Unión Africana y la ONU en asuntos de seguridad.

La Unión Africana ha ayudado a organizar el despliegue de contingentes españoles en países africanos.

España mantiene en la actualidad efectivos en misiones en la República Centroafricana, en Somalia, Mali, Senegal y en las operaciones 'Atalanta' y 'Ocean Shield' contra la piratería en aguas del Golfo de Adén y del océano Índico.