Estos fondos forman parte del programa "Solidaridad y gestión de los Flujos Migratorios para el período 2007-2013", y son gestionados a través de programas anuales desde el año 2007 en el caso del FEI y desde 2008 en el del FER, principalmente a través de convocatorias de subvenciones.

El Fondo Europeo para la Integración de Nacionales de Terceros Países tiene como objetivo apoyar los esfuerzos de los Estados miembro para hacer posible que nacionales de terceros países reúnan las condiciones de residencia y facilitar la integración de estos en las sociedades europeas.

El propósito del Fondo Europeo para los Refugiados (FER) es apoyar y mejorar los esfuerzos de los Estados miembros para mejorar las condiciones de acogida, aplicar procedimientos de asilo justos y eficaces, y promover buenas prácticas en el área de asilo para proteger los derechos de las personas que requieren protección internacional y permitir que los sistemas de asilo en los Estados miembros funcionen eficazmente.