Según el Ministerio, el objetivo de esta orden es establecer dicha mesa como grupo de trabajo, de carácter interdepartamental e interadministrativo, que será el órgano de coordinación entre la Administración general del Estado, las comunidades autónomas y las ciudades de Ceuta y Melilla para la aplicación de políticas en relación con el bienestar de los animales de granja y de acuicultura.

La norma establece las funciones generales a desarrollar por la mesa, que incluyen el establecimiento de mecanismos y planes de coordinación de actuaciones y el seguimiento de las mismas, la realización de tareas de estudio y coordinación, la adopción de propuestas que permitan una mejor ejecución de la normativa, el asesoramiento de autoridades competentes y la creación de grupos de trabajo específicos en materia de bienestar animal.

La mesa del bienestar animal estará adscrita al Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, a través de la dirección general de Producciones y Mercados Agrarios. Por parte de la Administración General del Estado, contará también con la participación de representantes de los ministerios de Transportes, Movilidad y Agenda Urbana; Interior y Sanidad y de la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición, adscrita al Ministerio de Consumo. Por parte de las comunidades y ciudades autónomas se contará con una persona representante de cada una de ellas.