La querella contra Navarro fue presentada el pasado 20 de febrero de 2001 por el teniente fiscal de la Audiencia Nacional Jesús Santos, a causa de unas declaraciones que Navarro realizó el 28 de noviembre e 2000 al diario "Gara" contra el presidente del Gobierno, José María Aznar, y en las que también criticaba al juez Baltasar Garzón.

En las manifestaciones al diario "Gara", Navarro dijo que era una afirmación "propia de un terrorista" que el jefe del Ejecutivo hubiese defendido que los menores que cometen atentados deben ser considerados directamente como terroristas.

Posteriormente, en unas declaraciones realizadas a Servimedia el 29 de noviembre de ese año, Navarro acusó al Consejo General delPoder Judicial (CGPJ) de colocarle como objetivo de ETA al abrirle diligencias por la mencionada entrevista del diario "Gara".

Para la Fiscalía de la Audiencia Nacional, las manifestaciones al diario "Gara" constituían un delito de injurias contra el Gobierno de la Nación, mientras que las que realizó a Servimedia lo eran contra el CGPJ.

El caso recayó primero en el Juzgado Central de Instrucción número 5 de la Audiencia Nacional, dirigido por Baltasar Garzón, quien decidió abstenerse de la invesigación, dado que las manifestaciones objeto de la querella hacían mención a su persona. Finalmente, la causa pasó a ser investigada por el magistrado Guillermo Ruiz Polanco, quien ahora ha decretado archivar las actuaciones.