También pide qe España modifique el método actual para la salida de mercancías de depósitos fiscales y denuncia a Bélgica por otra mala aplicación de este impuesto.

Para la Comisión, las explicaciones de España a su forma de aplicar el IVA en las subvenciones no son suficientes, por lo que considera que la práctica española "constituye una violación del sistema común del IVA", y lo mismo pasa con Francia y Bélgica.

La UE recuerda a España que está permitido incluir las subvenciones en la prorrata aplicable a qienes realizan al mismo tiempo actividades que dan derecho a deducción y actividades exentas, pero que no se puede aplicar prorrata a contribuyentes sólo por el hecho de recibir subvenciones.

También considera que España actúa mal al limitar el derecho de deducción en el IVA cuando se adquieren bienes mediante una subvención en capital.

Finalmente, sobre la incorrecta aplicación del IVA en los productos que salen de depósitos fiscales, la Comisión recomienda que, junto a los depósitos aduaneros, e establezcan también depósitos fiscales, que garanticen y faciliten el cobro de este impuesto.