Asimismo solicita a la Comunidad de Madrid que "exprese su más profundo compromiso con el Estado no confesional y la secularización de sus Administraciones Públicas, tal y como rige la actual Constitución de 1978".

Fernández indica en la citada iniciativa que "en los últimos años la sociedad española ha experimentado una importante secularización, sin embargo el mismo camino no lo ha realizado el Estado respecto a las ideas religiosas" y que "los sucesivos gobiernos de España han mantenido unas relaciones políticas con la institución de la Iglesia Católica que le han garantizado una situación claramente privilegiada en numerosos aspectos sociales, educativos, culturales y económicos".

Citó entre los privilegios recogidos en el "Acuerdo General de 1976 que revisaba el Concordato de 1953; un acuerdo que fue completado con el Acuerdo de la Santa Sede", la "financiación de la Conferencia Episcopal, la enseñanza de la religión en la escuela, un insolidario régimen fiscal o un protocolo institucional que la convierte sin ningún fundamento jurídico en religión oficial".

A su juicio, "todos estos protocolos pudieran ser totalmente respetables si así los hubiera elegido democráticamente el pueblo español, pero el problema radica en que fueron negociados con el Vaticano por un Gobierno preconstitucional".

El diputado explica que "estos protocolos son producto de un contexto histórico superado por nuestra democracia hace mucho tiempo y en el que la Iglesia mantenía un poder extraordinario como consecuencia de su alianza con la dictadura franquista. Un acuerdo que le ha servicio como cadena de hierro con el que maniatar a los gobiernos democráticos y que aún hoy sigue vigente".