El Ejecutivo de Euskadi presentó dos querellas contra Villar, una por calumnias y otra por prevaricación, después de que el el delegado dijese en su día que "hay datos que no se pueden dar a un Gobierno que colabora con los asesinos que perseguimos".

Para Ruiz Polanco, no hay dato alguno "de mínima injundia que permita afirmar que el querellado haya ocultado inormación o haya eludido o se haya negado a darla al Gobierno Vasco o a su Policía en el marco de la colaboración en la lucha antiterrorista". Con este argumento, el juez rechaza que Villar haya cometido el delito de prevaricación del que se le acusaba.

En este sentido, el magistrados considera que de las palabras de Villar "únicamente puede extraerse su desconfianza [...] en el hecho de que el Gobierno Vasco es firmante del Pacto de Estella, pero en modo alguno que se haya producido un solo caso de elsión de información".

En cuanto al delito de calumnias, el titular del juzgado central de instrucción número 1 de la Audiencia Nacional sostiene que las manifestaciones públicas de Villar "se integran en la esfera del debate político".

Con estos argumentos, Ruiz Polanco decreta el sobreseimiento de la causa abierta contra Villar. Esta decisión no es firme y contra ella cabe recurso de queja.

De esta forma, el juez da la razón a la Fiscalía de la Audiencia Nacional, que, desde que se presentaon las querellas, sostuvo que los hechos denunciados no eran constitutivos de delito.