El primer auto de Garzón, del 26 agosto, ordenaba la suspensión HB-EH-Batasuna por tres años. En él se ordenaba que se precintaran las sedes y se cerraran las asociaciones culturales vinculadas a Batasuna, así como las páginas de internet de la coalición.

En relación con este auto, Garzón dictó dos más, en los que, en opinión del Gobierno vasco, incurrió en prevaricación. Uno, del 6 de septiembre, en el que el magistrado aclaraba que la suspesión de Batasuna también implicaba su disolución como grupo en las instituciones.

El segundo de los autos de Garzón daba instrucciones al Departamento de Interior del Gobierno vasco para prohibir toda manifestación en contra de la suspensión de actividades de la coalición "abertzale".

La querella contra Garzón, que será presentada ante la Sala Segunda del Tribunal Supremo, fue anunciada el 18 de septiembre por el portavoz del Gobierno vasco, Josu Jon Imaz.

En su día, Imaz señaló que estos auos de Garzón son "injustos, menoscaban la competencia del Gobierno y abocan a graves limitaciones del derecho de manifestación y reunión".