Fernández Álvarez nació en Madrid en 1921, pero ha estado ligado estrechamente a Salamanca, donde tenía su residencia habitual.

Era licenciado en Filosofía y Letras por la Universidad de Valladolid, doctor por la Universidad Central con una tesis sobre "Felipe II e Isabel de Inglaterra", doctor por la Universidad de Bolonia e investigador.

Además, fue catedrático de Historia Moderna de la Universidad de Salamanca y miembro de la Real Academia de la Historia.

Fernández Álvarez obtuvo importantes reconocimientos por su trayectoria, ligada durante más de 50 años al estudio del siglo XVI, fruto de los cuales son su obra magna "Carlos V", "El césar y el hombre" y "Cervantes visto por un historiador", con el que obtuvo el Premio Quijote del Año de la Sociedad Cervantina de Esquivias.

Escribió dos novelas históricas, "El príncipe rebelde" y "Dies irae". Fue galardonado con el Premio Castilla y León de Ciencias Sociales y Humanidades en el año 2006.