En declaraciones a Servimedia, sobre la información que difunde la Cadena Ser sobre un convenio al respecto entre la Comunidad de Madrid y el Arzobispado de Madrid, Flores afirmó que "en la sanidad no puede mandar nadie que no sea el paciente, la familia o los médicos, el clero no tiene por qué estar metido en estos asuntos".

"No entendemos que en un país laico en el que tenemos una Constitución tenga que meterse la Iglesia (católica) en estos temas". "Así se lo hemos hecho ver (a Aguirre), y esperamos que este convenio se quede sin efecto, porque si tenemos que ir al Tribunal de los Derechos Humanos iremos, porque se están violando los derechos de los ciudadanos a decidir".

"¿Quién quién se cree que es ella (Esperanza Aguirre), que si quiere que la Iglesia se meta en estos berenjenales que lo haga con su familia, no con la mía", espetó.

Flores deseó que al final "impere la cordura, la Iglesia (católica) puede estar en los hospitales a la llamada de un paciente que quiera ser atendido, pero en decisiones de un hospital, no, porque tienen que ser los médicos, y en decisiones como los paliativos es el paciente el que decide cómo vive y cómo muere", concluyó.